El desenlace de la Crisis de Octubre de 1962 (crisis de los misiles) demostró una vez más que la Revolución Cubana constituía un proyecto político autónomo. La posición de Cuba, afincada en las más sólidas tradiciones de sus guerras de independencia y sus concepciones de la lucha de liberación nacional y del socialismo, demostró que la libertad y la soberanía de la nación cubana no podían ser negociadas sobre la base de intereses nacionales y de Seguridad Nacional de los principales actores políticos de la Guerra Fría.

El fracaso de la Operación Mangosta de 1962 obligó a Estados Unidos a revisar la política a seguir en relación con la Isla. Para la Administración Kennedy, con su mirada puesta en las elecciones presidenciales de 1964, el caso cubano representaba un tema de vital importancia en la agenda electoral de elevada prioridad y que requería de un nuevo programa que definiera las direcciones, propósitos y objetivos de la política de Washington hacia la nación caribeña.

En los primeros meses de 1963, la Administración Kennedy elaboró un plan de acción que perfilaba la estrategia y táctica a seguir en relación con la Revolución Cubana. En tal sentido se creó la Sección de Operaciones Especiales para dirigir la Estación CIA JM WAVE en la Florida, centro principal de la CIA para la realización de sus operaciones contra Cuba.

A partir de los reiterados fracasos de las organizaciones contrarrevolucionarias en el interior y el exterior del país entre 1959 y 1962, se orientó un estudio y análisis acerca del funcionamiento y efectividad de estas organizaciones en especial las que operaban desde el territorio de Estados Unidos.

Coincidentemente, la CIA promovía operaciones de marcado carácter terrorista que desencadenaban acciones conspirativas y planes de atentados contra el líder de la Revolución, Fidel Castro, y otros dirigentes cubanos.

Operaciones diplomáticas, dirigidas a América Latina, fueron estructuradas con el fin de desacreditar la política cubana en el continente. La guerra económica debería movilizar sus mecanismos de acción para reforzar el bloqueo y dificultar al máximo el desarrollo económico, social y cultural de país.

En el período inmediato posterior a la cancelación de la Operación Mangosta, el presidente John Fitzgerald Kennedy autorizó la creación de una agencia en el Departamento de Estado: el Comité de Asuntos cubanos que habría de presentar las propuestas de las operaciones encubiertas.

Un grupo especial presidido por McGeorge Bundy, asesor presidencial para asuntos de Seguridad Nacional, asumió la responsabilidad de revisar las operaciones encubiertas contra Cuba, en tanto el grupo permanente del Consejo de Seguridad Nacional (NSC) estructuraba la política a seguir. Sus principales miembros fueron: el fiscal general Robert Francis Kennedy, el secretario de Defensa Robert McNamara, el director de la CIA John Alexander McCone, el asesor del Presidente para la Seguridad Nacional McGeorge Bundy, y Theodore Sorensen ayudante del Presidente.

En este grupo permanente se examinaron el impacto en Cuba de posibles acciones ejecutivas de la Operación ZR Rifle (unidad de operaciones especiales de la CIA, encargada de la realización de asesinatos políticos de personalidades consideradas hostiles o enemigas para el interés de la seguridad nacional de los Estados Unidos).

De la misma forma se incrementaron las acciones de bloqueo asociadas a la realización de sabotajes que facilitaran una sublevación. Este programa se dirigía contra sectores claves de la economía, tales como energía eléctrica, refinerías de petróleo, almacenes, transporte ferroviario y por carreteras y centros de producción y manufacturas.

De acuerdo con informaciones consultadas, en noviembre de 1963 había más de 100 organizaciones contrarrevolucionarias operando en territorio norteamericano. Entre las más relevantes se destacan: Alpha-66 , Junta Revolucionaria (JURE), Directorio Revolucionario Estudiantil, Consejo Revolucionario Cubano, Junta de Gobierno Cubano en el Exilio (JGCE), Movimiento 30 de Noviembre, Fuerzas de Penetración (INTERPEN) , Movimiento de Recuperación Revolucionaria (MRR) y Ejército Invasor Cubano.

Importante significación cobra en este período la actividad subversiva de los autodenominados Comandos Mambises. Creados en 1963 por autorización del Ejecutivo estadounidense, formaron parte del programa de sabotajes contra la economía cubana aprobado en junio de ese año. El principio de la negación plausible se aplicaba a su actividad.

Sus ataques eran presentados como acciones supuestamente independientes de los grupos contrarrevolucionarios que operaban en la Florida. La captura en el mes de octubre de 1967 de cuatro miembros de un team de infiltración de los Comandos, que habían tratado de desembarcar en las costas de Pinar del Río, permitió conocer la verdadera esencia, contenido y dimensión de esta organización subversiva.

La Segunda Guerrilla Naval, organizada por el agente de la CIA Manuel Artime Buesa, desempeñó un importante papel en la actividad subversiva de aquel período.

Los objetivos de esta operación consistían en atacar barcos mercantes que participaban en el comercio con Cuba y preparar acciones contra instalaciones portuarias en la isla. Operaban desde bases controladas por la CIA en Nicaragua y Costa Rica.

En los planes de la Administración Kennedy se incorporó también la organización de un ejército mercenario, que a diferencia de la Brigada de Asalto 2506 (derrotada en Bahía de Cochinos, en abril de 1961), debía ser dirigida y controlada desde las posiciones del Ejecutivo.

De este modo la CIA quedó subordinada al proyecto militar que a tales efectos diseñaba la Casa Blanca.

Tanto el Presidente estadounidense, como sus asesores, estaban plenamente conscientes de que los sabotajes contra sectores claves de la economía no apuntaban al derrocamiento de la Revolución, sino al desgaste de esta.

Con ello se proponían el surgimiento de un clima político y psicológico que condicionaba las bases de un movimiento nacional de resistencia contrarrevolucionaria.

Solo con estas condiciones se podía desencadenar el plan de invasión militar a la isla, opinaban.

La actividad de enfrentamiento de los órganos de Seguridad del Estado a los planes del enemigo, produjo el Apocalipsis de la CIA y la contrarrevolución interna en el año 1963.

Fueron descubiertos importantes agentes de acción política de la CIA, aniquiladas estructuras remanentes de  organizaciones contrarrevolucionarias..

Un aspecto novedoso de la política hacia Cuba de la Administración Kennedy, concierne a la búsqueda de una alternativa diplomática emprendida en el último trimestre del año 1963, para explorar las bases de un posible arreglo en las relaciones Cuba- Estados Unidos.

Esta acción pudiera reflejar una vía de exploración, con la intención de atraer a Cuba a la esfera de influencia de la comunidad latinoamericana, subordinada a la política de la seguridad hemisférica de Estados Unidos, apartarla de sus vínculos con la Unión Soviética, distanciarla del socialismo y promover lo que algunos expertos han denominado como la «finlandización» de la Revolución Cubana.

El 21 de abril de 1963, en un memorando al Consejo de Seguridad Nacional, McGeorge Bundy había examinado tres posibles alternativas respecto a la formulación de la política a desarrollar hacia Cuba, que en su esencia referían la existencia de un Programa de Múltiple Vía que asociaba la realización de diferentes acciones subversivas, con la evolución de iniciativas diplomáticas a través de canales informales, para examinar las bases de una agenda de conversaciones entre los gobiernos de Cuba y Estados Unidos y la estructuración de un complot para derrocar la Revolución.